소닉 R을 시작하게 되면 각각의 특징을 가지고 있는 소닉, 너클스, 테일즈 그리고 에이미를 선택할 수 있고, 옆에는 X자가 쳐져있는 우리의 사악한 계란말이박사와 숨겨진 캐릭터가 보인다. 숨겨진 캐릭터를 선택하기 위해선 게임에서 등장하는 동전을 모으거나 카오스 에메랄드를 구해야 하는데, 코인이나 카오스 에메랄드는 지도에서 정해져 있지 않는 길이나 링게이트를 열어서 찾아보면 대부분 구할 수 있다.