P.N.03의 주인공은 바네사라는 여전사로 전장을 무대로 메카닉 병기들을 사용하여 홀로 부모님의 원수를 갚아나간다는 스토리다. 복수의 대상이 되는 군관리 컴퓨터시스템 CAMS는 누군가에 의해 폭주하여 바네사의 부모 뿐만 아니라 혹성거주민들을 무차별적으로 살상하고 있으며 게이머는 이 컴퓨터시스템을 파괴해야하는 임무를 가지고 있다