미스터리 오브 더 머미의 게임 진행 방식은 전형적인 포인트 앤 클릭(Point & Click) 방식이다. 게이머가 원하는 곳에 마우스를 가져다 대면 마우스는 각각의 사물 상태에 따라 아이콘이 변한다. 예를 들어서 길을 마우스를 가져다 대면 아이콘이 손가락 모양으로 변하고 사물에 가져다 대면 돋보기 모양으로 변하는 방식이다.