엔터 더 매트릭스는 기존의 게임 제작 방식과 비교해 볼 때 상당히 독특한 제작방식을 택하고 있다. 그것은 바로 영화제작자가 게임제작에 아주 깊숙이 관여한다는 것이다. 보통의 영화2게임 방식이나 게임2영화 방식은 단순히 캐릭터 사용권을 주는 것을 의미했지만 엔터 더 매트릭스는 워쇼스키 형제를 비롯한 많은 영화 스탭들이 그대로 게임제작에 관여하였다.