스타트랙 엘리트 포스 2는 이전 작품과 같이 한 소대의 지휘관 역할을 게이머가 맡아 미션을 진행시키는 게임이다. 다른 FPS류의 게임들과는 달리 미지의 별이나 공간에서 임무를 부여받아 지역을 탐색하고 소대원들을 지휘해 미션을 클리어해 가는 보다 스토리성과 그 스토리속의 게이머 참여도가 강한 게임이라 할 수 있다.